Для вірної діагностики захворювань ШКТ лікарі застосовують багато лабораторних та візуальних методик. Лабораторна діагностика дозволяє нам визначити патогенез проблеми на біохімічному рівні. Застосовуються і загально-клінічні обстеження, і біохімічні, і гістологічні та багато інших.
Візуальні методи – це УЗД та ендоскопія. УЗД показує стан органа, його розміри та розташування, наявність патологічних включень, ехогенність, дослідити у динаміці його функцію. Ендоскопія, а саме гастроскопія та колоноскопія вивчають зміни слизової оболонки ШКТ, наявність новоутворень, вогнищ ураження, виразок, кровотеч та ін.